授業の目的 【日本語】
Goals of the Course(JPN) | | 遺伝子解析技術（DNAシーケンサ）の向上にともない生物情報は飛躍的に増加した。この膨大なデータから生物を理解するのに必要な意味のある情報を取り出すにはコンピュータを用いたバイオインフォマティクス（生物情報学）の知識が欠かせない。本講義は生物学・生命農学の専門家が必要とするバイオインフォマティクスの基本解析技術の習得を目的とする。
（環境学：DP1に該当） |
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授業の目的 【英語】
Goals of the Course | | Recent advance in DNA sequencing technology has increased the amount of biological data, especially nucleotide sequences. Biologists are desired to be familiar with bioinformatics so that they can mine a lot of biologically meaningful information from huge sequence data by themselves. The goal of this course is that the students can analyze large sequence data by their personal computers.
(DP1) |
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到達目標 【日本語】
Objectives of the Course(JPN) | | | 各自のパソコンを使ってデータベース上の大量の塩基配列データを解析できるようになる。 |
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到達目標 【英語】
Objectives of the Course | | | This course aims to obtain the knowledge for analyzing a large amount of sequence data on a database using their own personal computers. |
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授業の内容や構成
Course Content / Plan | | １. Linuxの利用とファイル操作
２. 基本的なツールの利用方法
３. コンピュータプログラムの作成とバイオインフォマティクスへの応用 | 1. Basic operation of Linux and file management.
2. Introduction to typical sequence analysis tools.
3. Creating computer programs and their application to bioinformatics |
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履修条件・関連する科目
Course Prerequisites and Related Courses | | | 本授業では生物の遺伝情報(遺伝子の塩基配列情報)を題材に用いるので、分子生物学に関する初級レベルの学部講義を履修したことがあるか、同等の知識を習得していることが必要である。 | | Students are required to have taken an undergraduate course on basic molecular biology or to have acquired equivalent knowledge, since this class uses genetic information (DNA sequences) of living organisms as learning materials. |
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成績評価の方法と基準
Course Evaluation Method and Criteria | | ・毎回の授業への取り組みおよびレポート試験により評価する。
・Linuxを使って大量の塩基配列の情報を処理し、生物学的に意味のある情報を取り出すことができることを合格の基準とする。 | The grade will be evaluated by the effort of each class and report examinations.
Students are required to be able to process a large amount of sequence data using Linux and extract biologically meaningful information. |
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教科書
Textbook | | | 講義資料をウェブページに作成し、提示する。 | | Lecture materials will be presented on a web page. |
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参考書
Reference Book | | | 随時紹介する | | References will be introduced as necessary. |
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課外学習等（授業時間外学習の指示）
Study Load(Self-directed Learning Outside Course Hours) | | ・提示された課題に取り組むこと。
・講義が始まるまでにLinuxを使える環境を整えること（方法は受講希望者に事前に説明する）。 | Work on the assignments presented.
Prepare the environment to use Linux on your PC. The method will be explained before the lecture starts. |
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注意事項
Notice for Students | | ・演習形式で実施するため、生命農学研究科の学生を含めて約30名に受講人数を制限する。履修登録した人数がこれを大幅に超過する場合は選抜を行う（大学院または将来の研究で生物情報処理の知識が必要な人を優先する）。選抜を行う場合はNUCT経由で各自の機構メールアドレスに通知する。なお、履修登録期間内に定員に達した場合、履修登録修正期間における本科目の追加登録はできないこととする。
・夏季休暇中の開講であるので実施日に注意すること。単位取得には2日間とも出席を要する。
・PCのセットアップ等ために事前指導を行う場合がある。この場合もNUCT経由で通知する。 | The number of students will be limited to about 30 because the course will be conducted as a practicum. If the number of registered students exceeds the limit, selection will be made. Preference will be given to those who need the skills for graduate school or future research. If the selection is necessary, they will be notified via NUCT to their Kiko e-mail address. If the number of students reaches the maximum during the registration period, no additional registration for this course will be allowed during the registration revision period.
The course will be held during the summer vacation, so please pay attention to the dates. Students are required to attend both days in order to receive credit.
Prior instruction may be given for PC setup, etc. In this case, students will be notified via NUCT. |
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授業言語 (資料)
Language(s) for Materials | | |
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授業言語 (口頭)
Language(s) for Instruction & Discussion | | |
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英語の質問への対応
English Question | | | 質問内容をメールに書いて送れば対応する。 | | Questions will be accepted via e-mail. |
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授業開講形態等
Lecture format, etc. | | | 対面授業（演習）を予定しているが、状況によりオンライン授業に変更する可能性もある。 | | Face-to-face classes (practicum). However, online classes could be a possibility depending on the status of COVID infection. |
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遠隔授業（オンデマンド型）で行う場合の追加措置
Additional measures for remote class (on-demand class) | | | 電子メールによる質問を受け付ける。また、同時双方向通信等の方法で質問に対応する時間を設ける。 | | Questions will be accepted via e-mail. Also, there will be an opportunity for questions to be answered through interactive communication. |
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