授業の目的 【日本語】
Goals of the Course(JPN) | | | 社会・集団レベルでのヒトの健康理解と予防医療の開発に必要な大規模リアルワールドデータに基づく科学的エビデンスの構築方法についての習得を目指し、ゲノムをはじめとした分子レベルから個体レベル、果ては社会レベルにいたるまでのあらゆる健康医療に関わるデータに対して、疫学、公衆衛生、遺伝学、医学・生物統計学およびインフォマティクスを融合させたアプローチの実践的概念とスキルを習得するとともに、それらの医療および社会実装へ向けたアプローチについて実践的に学ぶ。 |
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授業の目的 【英語】
Goals of the Course | | | Aiming to learn how to construct scientific evidence based on large-scale real-world data necessary for understanding human health and developing preventive medicine at the social and collective levels. Learn practical concepts and skills of an approach that combines epidemiology, public health, genetics, medical and biostatistics, and informatics for all health and medical data, down to the social level. Learn practically the approaches to their medical and social implementation. |
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到達目標 【日本語】
Objectives of the Course(JPN) | | | 社会・集団を対象に大規模なヒトの健康情報が収集されるようになってきた。本講義では、健康情報のうち、大規模な疫学・遺伝学的アプローチによって得られたリアルワールドデータの取り扱い・解析方法を身に着ける。主に、Linux上でR及びPLINKを活用し、データを取得してから前処理・統計解析・結果の考察までを自ら行うスキル・知識を習得させることを目標とする。 |
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到達目標 【英語】
Objectives of the Course | | |
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授業の内容や構成
Course Content / Plan | | 大規模なヒト集団から得られたコホートデータやゲノムデータ(主に一塩基多型(SNP))を中心に扱う。
主に、R及びbashを活用し、データを取得してから前処理・統計解析・結果の考察までを実践的ハンズオン形式で進める。
2日間かけて講義を行う。
1日目：
・第１章：Rの基礎と回帰分析
・第２章：リアルワールドデータ解析 （傾向スコア分析の演習）
2日目：
・第３章：解析準備とLinuxの基礎
・第４章：PLINKを用いたゲノムデータ解析 |
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履修条件・関連する科目
Course Prerequisites and Related Courses | | 本講義「社会健康情報学特論」と、「社会健康情報学実習」はセットであり、互いに関連している。両方受講することが好ましい。
「保健医療データ活用法入門」とも関連する。
学部在籍中に統計学・疫学の講義を受講していることが望ましい
PCの基本的な操作については習得しているものとして講義を行う。 |
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成績評価の方法と基準
Course Evaluation Method and Criteria | | |
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教科書・テキスト
Textbook | | |
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参考書
Reference Book | | |
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課外学習等（授業時間外学習の指示）
Study Load(Self-directed Learning Outside Course Hours) | | ・講義受講前に指定されたソフトウェアをインストールする必要がある。インストール方法は別途連絡する。
・プログラミングやデータ解析スキルを、講義時間内だけで習得しきることは困難です。自習を行い、講義で得た知識・技術を定着させてください。 |
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授業の進め方
How to proceed with the class | | 本講義は、集中講義形式で行う。演習も実施する。各自PCを用意すること。
開催日は、8月6日、9月3日の二日間の講義となる。
尚、9月10日に本講義の発展編の講義を行う。この科目(社会健康情報学特論)としては出席しなくて良いが、興味があるなら参加しても良い。（NUCTで事前に参加確認を取ります。） |
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注意事項
Notice for Students | | ・PCを準備し、事前にRをインストールしておいてください（https://www.r-project.org/）。
PLINKをインストールしておいてください(https://www.cog-genomics.org/plink2/)。
Linuxを使用します。Windowsの方はWindows Subsystem for Linuxをインストールしてもらいます。
インストールの仕方や注意事項は事前に通知します。
・"CIBoG 遺伝統計学演習"と1日分重複するため、履修登録はCiBOG 遺伝統計学演習か、社会健康情報学特論のどちらかのみ可能。 |
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本授業に関する参照Webページ
Reference website for this Course | | |
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担当教員からのメッセージ
Message from the Instructor | | |
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使用言語
Language(s) for Instruction & Discussion | | |
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授業開講形態等
Lecture format, etc. | | |
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遠隔授業（オンデマンド型）で行う場合の追加措置
Additional measures for remote class (on-demand class) | | |
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