授業の目的 【日本語】
Goals of the Course(JPN) | | | 本講義では、実際の研究課題に対して、計算生物学と計算論的神経科学を対象とした数理アルゴリズム実装を演習する。多階層オミックスデータ解析、フィジオーム解析におけるデータ解析アルゴリズムの実装をR/Python/シェルプログラミングを主体に進めていく。なお本講義はR/Python/シェルプログラミングに習熟した受講者を対象に講義を進めるため、受講にあたっては注意すること。 |
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授業の目的 【英語】
Goals of the Course | | | In this course, students will practice mathematical algorithm implementation for computational biology and computational neuroscience for real research problems. The implementation of data analysis algorithms for multilevel omics data analysis and physiome analysis will be mainly conducted in R/Python/shell programming. Note that this lecture is intended for students who are familiar with R/Python/shell programming. |
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到達目標 【日本語】
Objectives of the Course(JPN) | | | 具体的なテーマを自ら設定し、それについての文献レビューと課題点について自ら考察して、それらを解決するためのアルゴリズムを開発・実装および解析、生物学的な解釈ができること。 |
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到達目標 【英語】
Objectives of the Course | | | The student should be able to set up a specific theme on his/her own, review the literature on it and consider the issues on his/her own, and develop, implement, and analyze algorithms to solve them, and interpret them biologically. |
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授業の内容や構成
Course Content / Plan | | 1. テーマ設定
2. 文献調査
3. 課題設定
4. 数理・アルゴリズム開発
5. 実装
6. データ解析と解釈
7. 研究発表 |
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履修条件・関連する科目
Course Prerequisites and Related Courses | | | 生命情報学特論、生命情報学実習、データ活用法入門、先端生命情報学特講を受講していること、また、シェル、R/Pythonによるプログラミングに一定程度習熟していること、統計・機械学習についての数理的基礎を有していること。 |
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成績評価の方法と基準
Course Evaluation Method and Criteria | | |
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教科書・テキスト
Textbook | | |
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参考書
Reference Book | | |
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課外学習等（授業時間外学習の指示）
Study Load(Self-directed Learning Outside Course Hours) | | |
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授業の進め方
How to proceed with the class | | |
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注意事項
Notice for Students | | | 本講義は高度なプログラミング実装を伴うため、事前に受講可能なレベルに達しているかを個別に判断する。必ず事前に相談すること。事前相談なしの受講は一切認めません。 |
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本授業に関する参照Webページ
Reference website for this Course | | |
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担当教員からのメッセージ
Message from the Instructor | | |
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使用言語
Language(s) for Instruction & Discussion | | |
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授業開講形態等
Lecture format, etc. | | |
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遠隔授業（オンデマンド型）で行う場合の追加措置
Additional measures for remote class (on-demand class) | | |
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