学部・大学院区分
Undergraduate / Graduate		農・博前
時間割コード
Registration Code		2924017
科目区分
Course Category		Ｂ類（応生）／C類（その他）
Category B(Applied Bio)/Category C(Other Department)
科目名　【日本語】
Course Title		生物情報学特論
科目名　【英語】
Course Title		Bioinformtaics
コースナンバリングコード
Course Numbering Code
担当教員　【日本語】
Instructor		鈴木 孝征 ○ 石黒 澄衞
担当教員　【英語】
Instructor		SUZUKI Takamasa ○ ISHIGURO Sumie
単位数
Credits		1
開講期・開講時間帯
Term / Day / Period		春集中 その他 その他
Intensive(Spring) Other Other
対象学年
Year		１年
1
授業形態
Course style


授業の目的　【日本語】
Goals of the Course(JPN)
DNAの塩基配列を決める技術が向上し、生物情報は飛躍的に増加した。この膨大なデータから生物を理解するのに必要な意味のある情報を取り出すには、コンピュータを用いたバイオインフォマティクス（生物情報学）の知識が欠かせない。本講義は生物学・生命農学の専門家が必要とするバイオインフォマティクスの基本解析技術の習得を目的とする。
授業の目的　【英語】
Goals of the Course
Recent advance in DNA sequencing technology has increased the amount of biological data, especially nucleotide sequences. Biologists are desired to be familiar with bioinformatics so that they can mine a lot of biologically meaningful information from huge sequence data by themselves. The goal of this course is that the students can analyze large sequence data by their personal computers.
到達目標　【日本語】
Objectives of the Course(JPN)
各自のパソコンを使ってデータベース上の大量の塩基配列データを解析できるようになる。
到達目標【英語】
Objectives of the Course
This course aims to obtain the knowledge for analyzing a large amount of sequence data on a database using their own personal computers.
授業の内容や構成
Course Content / Plan
【開講日程】
８月２０日（火）10:30〜17:15
８月２２日（木）8:45〜16:15

【授業の内容と構成】
1. 塩基配列を探す
制限酵素サイトやプライマー結合配列のような短い完全一致の配列を探す方法、およびホモログ遺伝子のようなある程度の長さの「似た」配列を探す方法について、それぞれの方法の特徴を理解する。

2. UNIX (Linux)を使う
バイオインフォマティクスを実践するには、最低限のUNIXの理解が必要となる。Windowsとは異なるコマンドを使ったコンピュータの操作を演習する。

3. 次世代シーケンサーで発現解析を行う
バイオインフォマティクスが最も必要とされるのは、次世代シーケンサーが出力するデータを読み解く場面である。次世代シーケンサーのしくみを概説し、その応用例としてRNA-Seqのデータ解析を演習する。

4. SNPを検出する
次世代シーケンサーの活用方法の一つにゲノムの解読がある。遺伝学の分野では変異株の原因となった変異を探すのに用いられる。データを解析し、たった一つの塩基置換を探す方法を学ぶ。


【注意事項】
・７月下旬から履修登録を受け付ける（4月の履修登録期間には登録できない）ので、教務学生係からの通知に注意すること。
・演習形式で実施するため、約40名に受講人数を制限する。履修登録した人数がこれを超過した場合は選抜を行う（大学院または将来の研究で生物情報処理の知識が必要な人を優先する）。選抜を行う場合はTACT経由で各自の機構メールアドレスに通知する。
・キャンセル待ちの人がいる場合があるので、履修登録後に辞退する場合は速やかに学内連絡先教員（石黒）にメールで連絡すること。
履修条件・関連する科目
Course Prerequisites and Related Courses
学部1, 2年次レベルの分子生物学の知識を修得していることを履修要件とする（生物学基礎 II、遺伝学等）。
成績評価の方法と基準
Course Evaluation Method and Criteria
・毎回の授業への取り組みおよびレポート試験により評価する。単位取得には2日間とも出席を要する。
・Linuxを使って大量の塩基配列の情報を処理し、生物学的に意味のある情報を取り出すことができることを合格の基準とする。
教科書・テキスト
Textbook
講義資料をウェブページに作成し、提示する。
参考書
Reference Book
随時紹介する
課外学習等（授業時間外学習の指示）
Study Load(Self-directed Learning Outside Course Hours)
・提示された課題に取り組むこと。
使用言語
Language Used in the Course
日本語
授業開講形態等
Lecture format, etc.
対面授業（端末室のPCを使い演習形式で実施する）
遠隔授業（オンデマンド型）で行う場合の追加措置
Additional measures for remote class (on-demand class)