授業の目的 【日本語】
Goals of the Course(JPN) | | 本授業では、研究室メンバーが順番に自身の研究課題の進捗や関連論文を発表し、批判的な議論を通じて最先端研究を多角的に評価する能力を養う。博士後期課程の学生には、研究者として自立して問題を設定・解決する力、および国際的に通用する学術的議論力を培うことを目的とする。
授業での討論に積極的に参加するためには、博士論文に直結する研究活動に毎週少なくとも8時間以上取り組むことを必須とする。特に履修生は、研究室の主要テーマである「プローブ顕微鏡」「一分子計測法」「X線結晶構造解析」「タンパク質の構造」「タンパク質の動態と機能」に関して博士論文研究の成果を体系的に整理し、発表を行う。その過程で得られた議論を通じて、タンパク質の構造機能相関をはじめとする生体分子動態研究の方法論を深化させることを目指す。 |
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授業の目的 【英語】
Goals of the Course | | In this course, laboratory members take turns presenting the progress of their own research projects or reviewing relevant papers, followed by in-depth discussions designed to cultivate the ability to critically evaluate cutting-edge research from multiple perspectives. For doctoral students, the primary aim is to foster the capacity for independent problem-setting and problem-solving as researchers, as well as to develop advanced academic communication skills applicable in an international context.
Active participation in class discussions requires a consistent commitment of at least eight hours per week to research directly related to the doctoral dissertation. Students are expected to systematically organize and present the outcomes of their doctoral thesis research in the laboratory’s core areas—probe microscopy, single-molecule measurement methods, X-ray crystallography, protein structure, and protein dynamics and function. Through these presentations and discussions, students will refine methodological approaches to biomolecular dynamics research, with a particular focus on elucidating the relationships between protein structure and function. |
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到達目標 【日本語】
Objectives of the Course(JPN)) | | - 生体分子動態研究における最先端の知見と研究手法を理解し、批判的に評価できる能力を身につける。
- 自身の博士論文研究を体系的に整理し、論理的に発表・議論できる力を養う。
- 専門領域の議論を通じて、自立した研究者として必要な問題設定力・解決力を培う。
- 国際的な学術コミュニケーションに対応できる高度な発表・討論能力を習得する。 |
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到達目標 【英語】
Objectives of the Course | | - To acquire the ability to understand and critically evaluate cutting-edge knowledge and methodologies in biomolecular dynamics research.
- To develop the capacity to systematically organize doctoral research and present and discuss it in a logical manner.
- To foster problem-setting and problem-solving skills essential for becoming an independent researcher.
- To cultivate advanced presentation and discussion skills for effective academic communication in an international context. |
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授業の内容や構成
Course Content / Plan | | 第1回：オリエンテーション ― 博士後期課程における研究者としての自立と本講義の位置づけ
第2回：最先端計測手法の俯瞰と研究戦略（プローブ顕微鏡・一分子計測・X線構造解析・分子動態解析）
第3回：国際的研究動向のレビューと批判的評価（学生による最新論文セミナー I）
第4回：博士論文研究テーマに関連する研究計画の発表と討論 I
第5回：研究方法論の深化 ― 実験設計・データ解析・再現性の検討
第6回：博士論文研究テーマに関連する研究計画の発表と討論 II
第7回：学際的視点からの研究展開（数理モデル・シミュレーションとの連携）
第8回：博士論文研究の中間報告 I ― 高速AFM・一分子計測の応用例
第9回：博士論文研究の中間報告 II ― X線・電子顕微鏡による構造解析研究
第10回：博士論文研究の中間報告 III ― タンパク質の構造・動態・機能研究
第11回：学外招待講演 ― 国際的第一線の研究者による先端研究紹介
第12回：国際学会発表シミュレーション（英語による口頭発表と質疑応答演習 I）
第13回：国際学会発表シミュレーション（英語による口頭発表と質疑応答演習 II）
第14回：博士論文研究の総合討論 ― 今後の研究戦略と国際発信
第15回：まとめ ― 生体分子動態機能研究における博士論文研究の学術的意義と今後の展望
※授業後に毎回リーディング課題または小レポートを課し、次回に提出すること。
1: Orientation — Independence as a doctoral researcher and the role of this course
2: Overview of advanced methodologies and research strategies (probe microscopy, single-molecule techniques, X-ray crystallography, molecular dynamics analysis)
3: Review and critical evaluation of international research trends (student-led seminar on recent papers I)
4: Doctoral research project presentation and discussion I
5: Deepening research methodology — Experimental design, data analysis, and reproducibility
6: Doctoral research project presentation and discussion II
7: Interdisciplinary approaches (integration with theoretical modeling and simulations)
8: Midterm doctoral research report I — Applications of high-speed AFM and single-molecule techniques
9: Midterm doctoral research report II — Structural studies using X-ray and electron microscopy
10: Midterm doctoral research report III — Protein structure, dynamics, and function
11: Invited lecture by external researcher — Cutting-edge research from an international perspective
12: International conference simulation (oral presentation and Q&A in English I)
13: International conference simulation (oral presentation and Q&A in English II)
14: Comprehensive discussion on doctoral thesis research — Future strategies and international dissemination
15: Course summary — Academic significance and future prospects of doctoral research in biomolecular dynamics
* Assignments will be given after each class, and students are required to submit a short report or reading summary at the following session. |
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履修条件
Course Prerequisites | | |
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関連する科目
Related Courses | | |
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成績評価の方法と基準
Course Evaluation Method and Criteria | | 担当回における発表内容の質と深さ、ならびに各回の議論への積極的かつ建設的な参加姿勢を総合的に評価する。合格の基準は、生体一分子計測をはじめとする関連分野における基本的な概念や専門用語を正しく理解し、それを博士論文の研究に応用できる能力を備えていることである。
Students will be evaluated comprehensively based on the quality and depth of their presentations and their active and constructive participation in discussions. The requirement for passing is a proper understanding of the fundamental concepts and terminology of single-molecule biophysics and related fields, as well as the ability to apply this knowledge to doctoral dissertation research. |
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教科書・テキスト
Textbook | | 教科書は指定せず、各回の授業で必要に応じて講義資料を配布する。
No textbook is designated; lecture materials will be provided as necessary in each class. |
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参考書
Reference Book | | 参考文献については、必要に応じて授業中に指示する。特に最新の研究論文やレビュー論文を中心に紹介する。
Reference materials will be indicated in class when necessary, with an emphasis on recent research articles and review papers.
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課外学習等（授業時間外学習の指示）
Study Load(Self-directed Learning Outside Course Hours) | | 博士論文研究を着実に進めるために、各自が研究テーマに関連する最新の研究論文を継続的に調査・精読すること。授業での発表や討論に十分に参加できるよう、事前に関連論文を批判的に読み込み、内容を整理しておくこと。また、博士論文執筆に向けて、日常的に実験・解析・考察を進め、その成果を研究ノートや報告書として体系的に記録すること。
To ensure steady progress in doctoral dissertation research, students are expected to continuously survey and critically read the latest research papers related to their research topics. In preparation for class presentations and discussions, students should carefully study relevant articles in advance and organize their understanding. In addition, students are required to engage regularly in experiments, data analysis, and interpretation, and to systematically record their findings in research notes or reports for future use in their dissertation. |
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注意事項
Notice for Students | | |
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他学科聴講の可否
Propriety of Other department student's attendance | | |
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他学科聴講の条件
Conditions of Other department student's attendance | | |
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レベル
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キーワード
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履修の際のアドバイス
Advice | | |
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授業開講形態等
Lecture format, etc. | | |
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遠隔授業（オンデマンド型）で行う場合の追加措置
Additional measures for remote class (on-demand class) | | |
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